Индонезия богата различными полезными ископаемыми. Запасы нефти разведаны в том или ином объёме практически во всех регионах, в частности, на Суматре, Яве, Калимантане, Сулавеси, Сераме, а также на шельфе этих островов. Месторождения природного газа расположены на Северной Суматре (Арун) и Восточном Калимантане (Бадак), а также на береговых шельфах Западного Ириана и Явы — к последним относится самое крупное газовое месторождение Юго-Восточной Азии Натуна Д-Альфа, находящееся в Яванском море примерно в 1000 км к северу от Джакарты. По прогнозам разведанных запасов природного газа стране должно хватить на 50 лет. Кроме того, в различных регионах страны имеются существенные запасы угольного метана, общий объём которых составляет около 13 трлн кубометров.